通常，科學家利用質(zhì)粒在靶細胞中進行基因的過表達。質(zhì)粒的靈活性、兼容性、安全性、經(jīng)濟性等特性促進了分子生物學家將其應用于各種用途。一些常用的質(zhì)粒類型包括：克隆質(zhì)粒、表達質(zhì)粒、基因下調(diào)質(zhì)粒、基因敲除質(zhì)粒、報告質(zhì)粒、病毒質(zhì)粒等。

克隆質(zhì)粒：旨在擴增目的DNA片段

表達質(zhì)粒：利用乳糖操縱子等結構過表達目的基因基因下調(diào)質(zhì)粒：利用基因沉默（抑制mRNA翻譯）的原理減少宿主細胞內(nèi)源基因的表達

基因敲除質(zhì)粒：質(zhì)粒中可插入基因敲除所需的元件，如用CRISPR/Cas9敲除時，質(zhì)粒中含有Cas9蛋白的基因序列并插入一段設計好用來轉(zhuǎn)錄出gRNA的序列；同源重組法敲除時，質(zhì)粒中插入一段目的基因的上下游同源序列

報告質(zhì)粒：整合有報告基因的重組質(zhì)粒。報告基因是一種編碼可被檢測的蛋白質(zhì)或酶的基因，也就是說，是一個其表達產(chǎn)物非常容易被鑒定的基因。把它的編碼序列和基因表達調(diào)節(jié)序列相融合形成嵌合基因，或與其它目的基因相融合，在調(diào)控序列控制下進行表達，從而利用其表達產(chǎn)物標定目的基因的表達調(diào)控，篩選得到轉(zhuǎn)化體。

病毒質(zhì)粒：對病毒的基因組進行改造，去除其致病感染性而保留其它功能，有利于目的基因靈活的進入細胞并整合到基因組中。到目前為止，quan世界的科學家在各種實驗中廣泛將質(zhì)粒用于各種技術，包括熒光成像、重組DNA技術、蛋白質(zhì)大規(guī)模生產(chǎn)、疾病模擬、藥物開發(fā)和基因編輯等，其應用之廣，使得質(zhì)粒幾乎存在于現(xiàn)在的所有生命科學實驗室。